משרד הבריאות בודק טענות על הטיה בחלק מהנתונים בתכנית המדדים והסקרים הלאומית, שבה נבדקת מדי שנה איכות הטיפול הרפואי בבתי החולים בישראל, כך מדווח הבוקר רן רזניק (א') ב"ישראל היום" .
בדיווח נמסר עוד כי נבדקות טענות לפיהן "חלק מתהליך בדיקת המדדים המשווים הביא לפגיעה ממשית באיכות הטיפול ולסיכון חולים". כמו כן, כאשר בתי החולים להוטים להצליח במדדים אלה התוצאה היא ניתוחים וטיפולים מיותרים וניתוחים הנעשים באופן פזיז מדי וללא הכנה מספקת. הטענות, כך דווח, הועלו על ידי רופאים ומנהלים בכירים.
על פי הטענות, נמסר בדיווח, מדדי בתי החולים נקבעים על סמך נתונים חלקיים בלבד, בכמה מבתי החולים מועברים הנתונים לצורך הסקר ברישום ידני ולא באופן ממוחשב, ו"חלק מהמידע לא מגיע למשרד הבריאות ולא נעשית השלמת נתונים". כמה מהטענות הנבדקות על ידי משרד הבריאות מבוססות, כך על פי הדיווח, על דבריו של עובד לשעבר בתכנית המדדים שהתלונן להנהלת המשרד על איכות הנתונים וטען כי על הקבצים נעשים תיקונים ידניים וכי חלק מהנתונים המדווחים לעתים כלל לא נקלטים במערכת התכנית. לדבריו, "הנתונים המתפרסמים אינם אלא חול בעיני הציבור ומערכת הבריאות".
ממשרד הבריאות נמסר כי הטענות בנוגע לתכנית נבדקות באופן ענייני.